Чтобы выполнять техники, ниндзя должен использовать свою чакру. Есть два источника чакры: первый - внутренняя энергия миллиардов клеток тела, второй - ментальная и физическая энергия, накапливаемая в результате ментальных и физических тренировок. Чтобы применить технику, ниндзя должен уметь контролировать и высвобождать оба вида энергии.  Количество чакры требуемое для использования техники, изменяется в зависимости от ее сложности и мощности. У каждого ниндзя есть потенциал, чтобы лучше использовать ниндзюцу, который зависит от таланта и предрасположенности к определенным элементным стилям. В тайдзюцу ниндзя не обязательно должен использовать чакру, поскольку большая часть атак основывается на физических возможностях тела шиноби. В ниндзюцу затраты энергии зависят от способности исполнителя к контролю над своей чакрой. Ниндзя с превосходным контролем над чакрой затратит минимальное ее количество на использование любой техники, и вся энергия будет использоваться по прямому назначению. Ниндзя с плохим контролем над чакрой для того, чтобы выполнить технику, расходуют больше чакры, чем необходимо.
Чакра течет через систему циркуляции чакры. Существует множество тончайших каналов, соединяющих жизненно важные точки. На микроскопическом уровне – это каналы, соединяющие  жизненные точки. С их помощью ниндзя может перераспределять чакру внутри своего тела. Если эти каналы по какой-то причине разъединены, то даже квалифицированный ниндзя-медик не в состоянии восстановить их. Система циркуляции чакры охватывает все внутренние органы и включает 361 танкетсу, которые представляют собой крошечные точки, через которые течет чакра. При управлении танкетсу поток чакры может быть увеличен или уменьшен. Лишь шиноби, владеющий Бьякуганом, может увидеть систему циркуляции энергии другого человека.

Сосредоточение равного и постоянного количества чакры в определенной части тела позволяет ниндзя «прикреплять» тело к любой поверхности или объекту. Также более умелый контроль чакры и регулирование его в соответствии с пропорциями тела дает пользователю возможность ходить по воде. Ниндзя может также сосредоточить чакру в руках или ногах, что увеличит силу удара и нанесет больший ущерб противнику соответственно.
Кроме того, чакра активно используется в бою и с помощью нее создаются мощные защитные барьеры.
Чакра в мозговых и сенсорных органах – основа любого гендзюцу. Расширяя поток чакры и внедряя ее в мозговую нервную систему противника, шиноби  может управлять его разумом и затрагивать все пять чувств.

В дополнение к танкетсу, система циркуляции чакры включает в себя восемь центров, отвечающих за регуляцию потоков энергии.  Хашимон, или восемь врат, расположены вдоль спинного хребта, в сердце и голове ниндзя. Вынуждая тело открыть эти врата, ниндзя выпускает в десять раз больше энергии, чем обычно. К сожалению, получение такой силы имеет высокую цену, поскольку каждое последующее открытие врат, увеличивает повреждение тела ниндзя и приближает его к  смерти. По этой причине открытие врат считают Запретной техникой. Если все восемь врат открыты, ниндзя получает силу, превосходящую способности Хокаге, но за счет своей собственной жизни. К тому же, открывший лишь несколько Врат, ниндзя практически гарантированно терпит поражение сам, если не успевает уничтожить врага за то время, пока техника действует.

[1] Kaimon (Врата доступа)

Снимают ограничения, накладываемые разумом, позволяют использовать возможности мускулов тела в полной мере. Открытие первых Врат является необходимым для использования техники Omote Renge.

[2] Kyuumon (Врата покоя)

Увеличивает выносливость ниндзя, а также скорость восстановления энергии.

[3] Seimon (Врата жизни)

Тело входит в стадию Ura Renge, кожа становится пурпурно-красной.

[4] Shoumon (Врата боли)

Сила и скорость ниндзя значительно возрастают. Тело работает на пределе своих возможностей - высокие нагрузки начинают разрывать мышцы.

[5] Tomon (Врата предела)

Дальшейшее увеличение физических возможностей. Движения перестают улавливаться глазом.

[6] Keimon (Врата зрения)

Ниндзя, открывший Шестые врата получает возможность использовать Asakujaku

[7] Kyoumon (Врата чуда)

Дальшейшее увеличение силы ударов и скорости перемещения

[8] Shimon (Врата Смерти)

Врата, расположенные возле самого сердца. Ниндзя получает силы, превоходящие возможности Хокаге. Ценой своей жизни.

Желтая / Синяя обычная чакра

Обычная чакра в аниме всегда изображается светло-голубой, в то время как по описанию в манга она желтого цвета.

Оранжевая чакра Девятихвостого

В те моменты, когда Наруто использует энергию Демона-Лиса, вокруг него появляется красно-оранжевый кокон, который Джирайя описывает как “плащ”

Зеленая - чакра ниндзя-медиков:

Техника Shousen no Jutsu используется медиками для исцеления ран союзников. Визуально процесс выглядит как зеленого цвета облако окутывающее ладони медика.

Розово-пурпурная чакра деревни Скрытой Звезды

Чакра шиноби из деревни Скрытой Звезды, прошедших специальную тренировку всегда пурпурного цвета. По сути, это их собственная чакра, пропущенная во время медитаций через специальный метеорит, считающийся ценнейшим артефактом.

Пурпурная чакра Проклятой печати:

В аниме чакра повляющаяся при активации Проклятой печати Орочимару имеет пурпурный цвет.

Белая чакра Хатаке

В манге вокруг Какаши и его отца Сакумо иногда появлялась чакра белого цвета

Hyourougan (пищевые пилюли)

Пищевые пилюли – это специальный медикамент, в состав которого входят протеины и стимуляторы, которые дают ниндзя возможность сражаться на пределе своих возможностей в течении трех дней и ночей. Пилюли временно увеличивают запас чакры ниндзя.

Пищевые пилюли клана Акимичи

Клан Акимичи разработал 3 специальные пилюли для увеличения чакры. После принятие каждой пилюли чакра члена клана увеличивается. Третья, последняя пилюля сжигает все калории в теле, превращая их в чакру, что дает увеличение силы в сто раз.

Высасыватели чакры

Различные техники, а также некоторые животные, найдя в теле человека чакру, поглощают ее. Кикачу клана Абураме в обмен на чакру проживают в теле своего носителя. Эти жуки также могут поглощать чакру ниндзя, уменьшая его возможности. «Доки» Таюи также поглощали чакру своих врагов. Существуют и техники, позволяющие высасывать чакру. Такими техниками пользовались Акадо Йоро и Джиробо. Меч члена Акацуки Хошигаки Кисаме имеет свойство вытягивать и поглощать чакру соперника.

Создание Джинчуурики

Джинчуурики (буквально – сила человеческой жертвы) – это люди, в телах которых заключены хвостатые демоны. Эти существа обладают огромной силой, и все страны ниндзя хотели сделать из них оружие для своих целей. Цель создания Джинчуурики заключается в том, чтобы человек и хвостатый демон, запечатанный в нем взаимодействовали друг с другом, тем самым давая носителю огромные силы и запас чакры. Каждый демон по-разному взаимодействует со своим хозяином, и сила этих демонов проявляется по-разному.

Проклятая печать Орочимару

Используя проклятую печать как форму контроля, ниндзя звука Орочимару помещает ее на тело выбранного человека, что дает тому большие силы. Шанс выжить после размещения проклятой печати составляет 1к 10. После высвобождения печать начинает выделять чакру, и впоследствии носителю все сложнее ее контролировать. При долгом использовании печати воля носителя подавляется и он становится рабом Орочимару.

Вода деревни Скрытого Водопада

Специальная вода деревни Скрытого Водопада увеличивает чакру ниндзя на короткий промежуток времени в десять раз. Пьющий воду ниндзя увеличивает свои боевые возможности, тем самым компенсируя отсутствие в деревне сильного лидера. Однако в обмен на силу эта вода поглощает вашу жизнь.

Устройство для контроля чакры деревни Скрытого Снега

Деревня Скрытого Снега разрабатывала устройства, позволяющие увеличивать количество чакры, а также позволяющие лучше ее контролировать. Это устройство может высосать чакру захваченного врага, лишая его возможности использовать техники. Элитные ниндзя Снега, а также их лидер Доту носили броню, которая увеличивала запасы чакры.

Метеор деревни Скрытой Звезды

Около 200 лет назад в Bear Country упал метеор. При медитации округ камня ниндзя деревни приобретают специальную пурпурную чакру. По сути, это их собственная чакра, пропущенная во время медитаций через этот метеор. Эта чакра сначала принимает форму перьев, растущих из спины ниндзя, а затем сам ниндзя может по собственному желанию использовать эту чакру для использования техник. Поскольку эта чакра опасна для жизни, лишь немногие ниндзя смогли научиться использовать ее, а многие кто пытался это сделать вскоре умирали. Впоследствии изучение этой техники было запрещено.